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包头市肿瘤医院根据其主要任务，内设36个科（部、室）：办公室、党委办公室、人事科、保卫科、财务科、总务科、审计科、信息科、医务科、护理部、门诊部、预防保健科、工会、医保科、质量控制科；内一科、内二科、中西医结合科、外一科、外二科、外三科、中医肿瘤科、超声科、头颈外科、妇瘤科、手术麻醉科、肿瘤防保科、急诊科、放疗科、口腔科；放射科、检验科、同位素科、病理科、药剂科、器械科。
